Im Zentrum des Engagements der DOG blieb allerdings das Zweistromland. So wurden 1903 Arbeiten in Assur, der alten Hauptstadt Assyriens, aufgenommen. Grabungsleiter war Walter Andrae, der hier bis 1913 vornehmlich Befestigungswerke, Palastbauten und Heiligtümer wie die der Kriegs- und Liebesgöttin Ischtar und des Stadtgottes Assur erforschte. In jüngster Zeit werden die Untersuchungen der DOG in Assur fortgeführt. Sie stehen gegenwärtig unter der Leitung von Peter Miglus.
Auch von Assur aus wurden kleinere Feldforschungen an anderen Ruinenstätten durchgeführt, so in der Assur gegenüber am östlichen Tigrisufer gelegenen Residenzstadt Kar-Tukulti-Ninurta und in der parthischen Stadt Hatra.
1912/13 begannen die Ausgrabungen der DOG in den ausgedehnten Ruinen der alten südmesopotamischen Stadt Uruk, aus der der legendäre, durch seine Suche nach dem ewigen Leben bekannt gewordene König Gilgamesch stammt. Bereits ein Jahr darauf wurden die Arbeiten in Uruk jedoch durch den Ausbruch des Ersten Weltkriegs unterbrochen und erst 1928 wiederaufgenommen, nun allerdings finanziert durch die Notgemeinschaft der Deutschen Wissenschaft sowie später durch deren Nachfolgerin, die Deutsche Forschungsgemeinschaft. Die Untersuchungen in Uruk, für die seit 1956 das DAI die lizenzhaltende Institution ist, dauern bis heute an.
In der Zeit nach dem Ersten Weltkrieg lag die DOG finanziell am Boden. Ins Zentrum rückte so die Arbeit an der Veröffentlichung der Grabungsergebnisse. Erst Ende der 20er Jahre konnte die Feldforschung im Irak und wenig später auch in Hattusa wiederaufgenommen werden.
Da die DOG von Beginn an in hohem Maße von dem ideellen und materiellen Engagement gerade auch ihrer zahlreichen Mitglieder jüdischer Herkunft, darunter James Simon und Bruno Güterbock, geprägt wurde, zog das nationalsozialistische Regime in Deutschland einen rapiden Abstieg der Gesellschaft nach sich. Viele Mitglieder sahen sich zur Emigration gezwungen, andere sind in den Vernichtungslagern umgekommen.